船舶不实登记所有权与权利外观分离的情形，在实际的民商事交易、执法过程中带来了许多的困扰，在实践中引发了审判、执行各阶段的许多的纠纷，主要包括以下几类:
1.不实登记船舶的确权案件
通过笔者在北大法宝、裁判文书网等司法案例库的检索，不实登记下船舶登记权利不真实导致的纠纷之一集中于船舶权属纠纷，船舶权属纠纷主要由实际所有人向法院提起的，主要涉及的诉讼请求包括实际所有人确认所有权和请求办理配合过户登记这两类。而实际所有人请求确认所有权无非由于以下几类原因:
c1>请求确认所有权以规避风险
最典型的就是当被挂靠人经营状况不良，有被执行风险，挂靠人为避免登记于被挂靠人名下的船舶受到诉讼纠纷影响被扣押、强制执行或者受到海事局等主管机关的额外检查、滞留等情形会选择确认自己的所有权‘;登记人擅自抵押船舶，共有人知情后请求确认所有权并变更登记，以避免损失;
(2)明确船舶所有权份额
不实登记经常引发的另一纠纷在于“船舶合伙纠纷”案由之下，船舶合伙和船舶共有经常伴随出现，然而并不是所有的船舶合伙法律关系都包含着船舶共有关系，实践中利用非共有船舶进行合伙经营的也很多，区分这两种情形对于明确船舶所有权也有重要意义。浙江省高院一起案件中，合伙人就合伙协议性质属于经营性合伙还是共有船舶合伙经营，涉案合伙人是否属于船舶共有人产生了争议船舶共有人也会想要通过船舶诉讼程序确认自己的所有权份额并分配运营船舶的相关收益;再就是购买共有船舶所有权份额的人请求确认所有权
(3)为取得船舶某种收益而确认所有权
实际所有人请求确认所有权不仅出于对船舶本身所有权及相关运营收益的确认，在实践中由于船舶拆解报废或更新的补助款、挂靠船舶的拍卖款项分配、船舶的柴油燃油补贴款项、侵权赔偿款的分配有异议或登记所有人隐匿相关款项拒绝支付，实际所有人提起诉讼的案例也相对较多。
(4)敦促当事人配合办理过户义务
大部分的不实登记情形是由于船舶的实际所有人和登记所有人双方故意促成的，实际所有人内部之间往往定有相关协议，但实践中也会出现实际所有人或者登记所有人想要通过办理过户登记义务结束船舶不实登记状态而另一方不予配合的情况，此类纠纷通常存在于“船舶权属纠纷”“船舶买卖纠纷”之中。较为常见的类型包括:被挂靠人出现风险致使挂靠经营的初始目的不能完成的，挂靠人主动披露挂靠关系请求确认所有权并办理登记手续‘;或者是在船舶买卖关系中，船舶原所有人即登记所有人怠于履行过户义务，致使船舶处分困难;此外登记所有人有时也会由于政策、行政处罚风险等压力请求实际所有人办理过户登记，最典型的就是被挂靠人请求解除挂靠协议，并请求法院确认挂靠人的所有权并判令挂靠人配合进行过户手续。
