通过以上的分析比较，市场至今没有做强做大的原因:有政府相关部门的重视程度不够，对发展船舶交易业缺乏长远规划，政策扶持力度不足;有港航管理体制改革过于频繁所带来的冲击;也有各职能部门对船舶交易管理工作各自为政，没有形成合力等，但影响广州船舶交易市场发展的根本原因主要是以下几点。
1、政企不分竞争不公平
首先，是船交所定位模糊，职能不清，政企不分.广州市船交所成立20多年来，对规范广州地区船舶交易的发展发挥了积极作用，但用现在的眼光来看，舶交所在成立之初就存在先天不足.其原因是该所作为承担一定公共管理任务的事业单位，但是内部却实行企业化管理，办公及人员经费需自行解决.这样的尴尬处境，使得他们不得不直接参与船舶交易经营以获得收入.船交所是管理和经营合二为一，这有违背市场经济中政府与企业的角色定位原则。
其次，是船舶交易市场缺乏公平竞争环境.船舶是性质特殊的资产，二手船舶买卖需要使用专用发票.广州自船舶交易市场开办以来，私企性质的华南船舶交易市场一直没有被授权开具“船舶交易发票”，若使用“船舶交易发票”，就需征收4%一17%的所得税;若要免税使用发票，则需经政府发文明确.2009年10月26日，广州市地方税务局《关于加强我市旧船舶交易服务税收征管工作的通知》(税地税函[[2009 ] 515号)指出，今后广州市二手船舶交易市场必须统一使用新版专用发票，该发票由广州市船舶交易管理所负责开具，并由该所向交易双方按交易合同金额的万分之五代征船舶交易印花税.由于华南船舶交易市场不能正常领取使用经营发票，还要承担管理费，从而使其无法成为真正意义上的船舶交易市场，也使得广州的船舶交易市场没有形成健康、公平、公正的竞争环境，导致华南地区很多船舶已转到舟山、重庆、芜湖等地交易，这在一定程度上阻碍了广州市船舶交易市场的发展。
2、基础设施落后
目前广州市的2个“船舶交易市场”均存在交易场地狭小，市场基础设施落后，服务功能单一，服务水平不高等局限，与国内主要船舶交易市场的条件相比存在显著的差距.例如，浙江船舶交易市场有限公司，市场设有交易大厅，内有交易办证、交易咨询、船舶拍卖、技术服务、商务中心等窗口，并配备有机房、电子显示屏、投影屏、洽谈室和服务台等服务设施，为客户提供了良好的交易环境.公司还建立了船舶买卖信息管理系统，对船舶交易从挂牌登记、交易申请、资料审核、交易鉴证、交易结算、交易归档等全部过程实行计算机联网操作，避免了交易纠纷，确保交易规范有序，并实现了全国船舶交易信息发布和共享。
3、机构不健全
船舶具有投入资金大、技术含量高、流动性大、使用周期长等特点.船舶的特殊性，决定了船舶评估、拍卖的专业性.由于广州船舶评估、拍卖机构不健全、制度不完善，一方面导致船舶交易市场成交及一些拍卖公司拍出的各类船只有相当一部分没有进行船舶专业资产评估，使得交易的船只价格被高估或低估.有的航运公司和船东的船只为了还债、抵押、贷款、购买保险而被高估，评估价格高出实际价格几倍甚至十几倍;有的为了转移资产而被低估，使船只的评估价格低于实际价格几倍甚至十几倍.另一方面，一些非专业的评估机构在接受船舶评估业务时，只是套用一般产权评估方式，完全背离了专业船舶评估的6条基本原则，造成了船舶交易市场的不规范，使得广州的船舶交易市场发育不良。
