《广州市船舶交易管理规定》从1996年由广州市政府颁布实施到现在已有12年时间。从10多年的管理实践来看，该规定对规范船舶交易行为、保障交易各方合法权益、维护船舶交易市场正常秩序、促进水路运输经济发展起到了积极的作用，为广州市依法治市作出了一定贡献。
但是，该规定出台的背景是计划经济时期，还明显带有计划经济时代的色彩。随着市场经济体制的建立和完善，市场经济是法制经济的观念已深入人心。与之相对应的，政府职能逐步从计划经济时代的“全职能型”向市场经济时代的“有限职能型”转变。尤其是《行政处罚法》和《行政许可法》实施以来，《规定》的一些条款已与上位法相抵触。因此，该规定已不适应现时管理要求。主要表现如下:
1.《规定》中的核心内容“船舶交易证明书”制度与国务院行政法规相抵触。
按照《规定》第九、十条要求，船舶交易双方需凭市船舶交易管理机构及工商部门联合出具的《船舶交易证明书》到海事部门办理船舶所有权转让手续，这与国务院1994年6月颁布、1995年1月实施的《中华人民共和国船舶登记条例》规定的条款不相符合。该条例第十三条规定:“就购买取得的船舶申请船舶所有权登记的，应当提供下列文件:①购船发票或者船舶的买卖合同和交接文件;②原船籍港船舶登记机关出具的船舶所有权登记注销证明书;③未进行抵押的证明文件或者抵押权人同意被抵押船舶转让他人的文件。”这表明，《船舶交易证明书》并不是该条例要求的必备文件。实际上，广州海事局作为广州地区船舶所有权登记的主管部门，依据《船舶登记条例》办理交易双方船舶所有权转让登记手续时，并不强制要求双方出具《船舶交易证明书》。
按照我国各类法律法规的效力规定，《船舶登记条例》是国务院颁布的行政法规，是上位法;而《广州市船舶交易管理规定》只是广州市政府颁布的政府规章，其法律效力要低于行政法规。该规定的《船舶交易证明书》条款与上位法《船舶登记条例》相抵触，因此是无效条款。
2.《规定》中的“交易管理费”与“船舶交易专用发票”皆已被取消。
《规定》第八条涉及的“交易管理费”应属“行政事业性收费”，带有强制性。按照2006年国家发展改革委、财政部联合下发的《行政事业性收费标准管理暂行办法》的有关规定，广州市规定的“船舶交易管理费”应经广东省政府审批，列入广东省行政事业性收费目录并向社会公示后才能收取。实际上，广州市自定的“船舶交易管理费”并没有经过广东省政府审批，应该视为无效，是属于取消之列的收费项目。而广州市物价局于2001年批准市船舶交易管理所收取的是“船舶交易服务费”，属于产权交易服务费的一种，其性质是经营服务性收费。物价部门只批准服务收费的最高限额，具体收费由交易双方与交易机构根据实际提供服务的工作量、当地的经济发展水平、本身的承受能力，在规定的最高收费限额内协商确定。因此“交易管理费”与“交易服务费”是两种性质截然不同的收费。《规定》中的“交易管理费”实际上已名存实亡，而被“交易服务费”取代。
再者，《规定》第八条涉及的“船舶交易专用发票”，2007年8月广东省国税局在清理规范性文件时已下文停止使用“船舶交易专用发票”。因此，《规定》第八条要求的“船舶交易专用发票”也无从实施。
3.《规定》侧重具体的船舶交易行为的管理，没有对船舶交易市场及相关配套
行业如船舶交易经纪、船舶评估等的管理。
由于《规定》1996年出台时，船舶交易市场发育还不成熟。虽然1989年广州市船舶交易管理所成立了广州市船舶交易市场，但只是名义上的市场，功能十分单一，只是为二手船舶买卖提供简单的交易服务，与广州市船舶交易管理所是“一套人马、两个招牌”，政府一手操办的主导色彩浓厚，运作较为僵化，服务单一，对社会服务有限。再者，船舶交易相关行业如船舶交易经纪、船舶评估等还处于萌芽状态。《规定》制定时没有前瞻性，只是侧重于具体的船舶交易行为的管理，未将船舶交易市场以及相关行业如船舶交易经纪、船舶评估等纳入管理范围，造成目前这些方面管理的滞后。
