1.船舶交易市场规模小且不规范
目前，交通运输部根据《船舶交易管理规定》，已经公布了包括厦门船舶交易服务中心在内的17家船舶交易服务机构。厦门和国内其他船舶交易市场面临相似的处境:在交易的过程中，存在很大一部分没有按照交通部制定的要求需在船舶交易中心进行，交易服务机构也通过打价格战，争夺交易量。
从问卷调查中船东的反馈来看，在这些进行船舶交易的船公司中，选择在厦门船舶交易服务中心进行交易的仅有28%，50%的船公司进行船舶交易是不经过任何船舶交易服务机构的，而是选择自由交易。场外交易仅进行简单的协议转让，未能挖掘市场潜力，不利于船舶资产的高效、有序配置。另外，根据有关国有资产的管理规定，国有资产交易要在具有国有资产交易资质的交易所交易，而根据交通运输部《船舶交易管理规定》，有关船舶交易须要进入船舶交易服务机构进行交易，但是厦门船舶交易服务中心不具备国有资产产权交易的资格，这就存在国有船舶交易场所不衔接问题;船舶交易的市场监管制度还不健全。
综上所述，当前厦门船舶交易尚未形成大规模的船舶交易市场，而且整个交易市场没有形成有序状态，交易市场中存在着不少待规范之处。
2.船舶交易配套服务功能不齐全
船舶交易业是一条大的产业链，其发展可以带动金融、租赁、保险、检验、仲裁诉讼、经纪人等相关服务业的发展。同时，这些服务业的发展也能促进船舶交易业的发展。尽管目前厦门市的船舶交易市场已经建立起来，但仍处于起步发展阶段，其主体业务还局限于船舶交易，金融租赁、保险以及船舶经纪的发展处于探索阶段，船舶拍卖、船舶评估等功能也才刚刚起步。配套服务功能不齐全，内涵丰富的产业链还尚未形成，这影响着厦门船舶交易的进一步发展，也不利于航运业的全面发展。
3.缺乏政府扶持政策
必要的政策支持是推动船舶、飞机等大宗商品交易市场形成和发展的保障条件，尤其是对厦门船舶交易市场刚刚建立的城市来说，适当的政策和资金扶持有利于其快速发展。但目前厦门市政府在针对船舶交易方面的政策扶持和资金扶持力度不大。厦门船舶交易鉴证费相比其他一些城市较高，因此对船东的吸引力不大，同时导致厦门船舶交易的服务内容较少，市场面较窄，交易市场的发展落后于部分省市。
4.未充分发挥对台优势
厦门在与台湾地区的航运交往中有着天然的优势，随着《海峡两岸海运协议》的签署和实施，两岸实现大三通，厦门对台湾地区的优势正在被淡化。由于两岸在船舶交易方面的政策不相同，台湾船舶从事国际航线的基本都是挂的方便旗，两岸航线的船舶，两岸均控制得非常严格，加上厦门没有针对船舶交易方面的政策优势，近年来一直都没有台湾船舶来厦门交易，厦门对台的优势一直没有体现出来。
