至于船舶所有权登记的意义，有法院认为，《船舶所有权登记证书》是船舶登记机关颁发的法定证明文件，用以确认船舶所有人的所有权，船舶的公示和确认则通过船舶登记机关的登记制度来实现。最高人民法院在裁判文书中也指出，船舶所有权以登记为公示方式，船舶登记具有物权公示效力。但是也有法院认为，船舶所有权登记仅发挥证权功能，并不具备创设权利的设权效力。
在当前的航运市场中，一些个体船民为了船舶营运、异地登记或办理银行贷款等需要，通过挂靠的形式将自己所有的船舶全部或部分所有权登记在其他公司名下。有法院认为，海事行政部门在进行船舶所有权登记时仅进行形式审查而不进行实质审查，这导致了在实践中出现了船舶登记所有人与实际所有人不一致的现象。因此也有法院指出，船舶登记的法律作用，旨在于取得公信和对抗效力，并非所有权变动的生效要件。船舶所有权变动须遵循交付生效准则，即将交付行为确立为所有权发生变动的法定生效条件。
在船舶侵权、碰撞纠纷案件中，当船舶登记所有人与实际所有人因挂靠或转让而导致所有权分离时，法院倾向于支持登记所有人作为案件的合法主体。如2004)粤高法民四终字第96号案所示，法院均判定登记所有人作为合法的权利主张者，而实际所有人由于未办理过户登记，其作为原告的资格不被认可。这种司法态度再次验证了登记在船舶物权法中的优先性和不可替代性。在认定船舶所有权归属时，法院仍以登记作为主要参考依据，由主张享有船舶所有权的主体负举证责任，证明登记主体不是船舶所有权人，否则承担不利后果。②这一观点强调了船舶登记的确定物权归属的效力，虽然这并非绝对。船舶登记具有物权公示和行政管理的双重性质，通常情况下，船舶所有权登记证书登记的所有人被视为该船舶的所有人。
司法实践中，对船舶物权登记对抗主义的倾向体现在以下方面:一般情况下，法院以船舶登记证书作为船舶所有人认定的基本依据，涉及第三人时，认定登记的船舶所有人为船舶所有人;不涉及第三人时，则认可实际船舶所有人享有所有权。在特殊情况下，如果存在其他证据表明实际所有权人与登记所有权人不一致，法院可能会根据实际情况作出不同的判决。船舶所有权或共有权的登记并非所有权或共有权成立的法定要件，而是对抗第三人的效力标志。船舶所有权或共有权的确立应依据相关事实和法律进行判断，而非单纯依赖于登记信息。船舶所有权登记对第三人的对抗效力并不影响原告请求确认船舶的实际所有权归属。当船舶所有权登记证书上的所有权人登记信息与实际情况不符时，应以查明的事实为依据，确认案涉船舶的所有权归属。
