依法行政和优化营商环境的需要
从行政法角度来讲，航运公司与船舶(代表船)安全管理体系的审核是“航运公司安全与防污染能力(临时)符合证明签发”行政许可程序中的一个必要环节，可以理解为行政主体的内部行政行为，代表船之外其他船舶的安全管理体系审核缺少足够的法律依据。而在工作实践中，船舶安全管理体系审核与航运公司安全管理体系审核工作程序几乎完全一致，而且具有相当的独认性，可以单独申请、独认实施、单独发证。这与其内部行政行为的法律地位不相对应，也不符合依法行政的要求。
在转变政府职能、简政放权、优化营商环境的大背景下，精简不必要的行政行为是大势所趋。船舶安全管理体系审核是航运公司安全管理体系审核的延伸，是对航运公司安全管理体系运行情况的进一步验证，现行按照相对独认的模式运行造成了行政成本的浪费，同时也增加了行政相对人的经营成本。将船舶安全管理体系与船舶安全检查相融合，可借助船舶安全检查报告数据对船舶安全管理体系运行情况进行验证，从而节约行政资源、提升行政效率。
船舶安全监督效能提升的需要
船舶安全管理体系审核与船舶安全检查都是船舶安全监督检查的主要手段，从发展趋势上看，二者从检查内容、工作程序和人员队伍等各方面都具有趋同性和可融合性。
在工作实践中，一方面航运公司安全管理体系审核从岸基和代表船人手对安全管理体系进行了全面的审核，代表船之外的其他船舶可以直接默认或者有条件认可其体系的有效性;另一方面，船舶安全管理体系审核与船舶安全检查工作程序和方式各具优势，两者具有很好的互补性。船舶安全管理体系审核与船舶安全检查的深度融合将极大提高海事行政执法效率和船舶安全监督效能。
海事队伍专业化建设的需要
船舶安全管理体系审核与船舶安全检查工作都具有很高的综合性和专业性。船舶安全管理体系审核人员不仅要熟练掌握国际(国内)船舶安全监督管理规则，还要熟练掌握有关国际公约、国内法律法规规章和规范性文件规定，既需要具有安全管理体系化思维，还要具有一定的基层海事执法经验。船舶安全检查人员既要熟练掌握有关国际公约、国内法律法规规章和规范性文件规定，还要通过检查船舶有关证书文书资料、设施设备配备及运行、船员适任能力和实际操作能力等方面，对船舶的适航性做出专业的判断，要求具有丰富的基层海事执法经验和较高的专业素养。
船舶安全管理体系审核与船舶安全检查工作是海事队伍专业化水平的集中体现，既各有特色又互相补充。两者的深度融合将有利于两支海事专业化执法队伍取长补短，有效提升海事队伍的专业化水平，有利于海事复合型人才的培养，符合目前海事队伍革命化正规化专业化职业化建设的现实需求。
