1、债权无效的风险
银行设定船舶抵押权，为的是银行能够实现对抵押船舶变现价金优先清偿自己的债权，保证自己对借款人债权的全部实现，是从属于借款债权而存在的一种权利。故而借款合同的主债权严重制约着抵押权的效力，如果没有借款的主债权或者主债权无效，也就不存在船舶抵押权。因此船舶抵押权的有效是以借款合同有效为前提的，倘若主合同中存在着《合同法》规定的合同无效的情形，作为船舶抵押合同的从合同当然无效，这就导致银行无法实现自己的抵押权。
2、抵押人资格风险
各国法律普遍严格限定，有权在船舶上设定抵押的人只能是船舶所有权人，非所有权人设定抵押权一律无效。可是在实践中，设定船舶抵押权的主体，情况非常复杂，因此会给银行造成大量风险。有的船舶所有人是船舶的共有人、或者船舶所有人的家属，如夫妻、子女等;有的无法按时提供相应的材料，证明其船舶所有人的身份;有的船舶本处于法律规定的禁止抵押时间内，所有人仍然在其上设定船舶抵押权;还有的不小心丢失了船舶所有权的法律凭证等。各种情况的船舶所有人都有。
3、在建船舶的风险
眼下，世界各国普遍认可在建船舶可用作抵押的做法，在实践中，银行也通常会接受在建船舶用作贷款抵押。可是，无论在国际条约还是各国的国内法上，对在建船舶的概念都比较模糊，都未能做出非常容易界定的定义，有待于进一步立法明确。例如，在我国现行的《海商法》中，仅在第二章用一个条文规定:“在建船舶申请船舶抵押权登记的，有关当事人必须将建造船舶合同提供给船舶登记机关。”但对什么是在建船舶，却没有做出相应的规定，而学者的观点也是智者见智，仁者见仁。同时也并未对在建船舶的抵押登记如何进行做出细致规定，是否与建造完好的船舶抵押登记程序一样，也无从知晓。因此，如果能及时完善法律法规，对规避银行在船舶抵押中的某些风险大有益处。
4、保险合约的风险
由于当前国际条约和国内法，都没有明确规定船舶所有人必须及时办理船舶的足额保险，这就使船舶的保险情况十分复杂。于是，有的船舶没有办理保险，也有的办了保险，但并非足额保险;有的船舶设定的抵押权存续期间过长，时间远远长于保险期限;有的没有将受益人约定为船舶抵押权人，使得保险合同形同虚设，毫无保险作用;还有的没有在保险合约中约定，船舶抵押权人在抵押存续时间内如果发生船舶遭到毁坏甚至灭失的，必须积极有效的采取措施应对，减少不必要的损失。
5、船舶留置权和船舶优先权的风险
虽然在不同国家的法律规定中，船舶优先权的定义有所差别，但核心要义是相同的。我国《海商法》规定，“船舶造成海事请求的，海事请求人有权向船舶经营者、光船承租人、船舶所有人按本法第二十二条的规定，对其提出海事请求，具有优先受偿该船舶的权利。”
顾名思义，船舶优先权当然具有优先性，即从各国国内的立法和相关的国际条约来看，该优先权的受偿顺序的优先性都是最高的，先于船舶留置权和船舶抵押权。这是由于，船舶优先权是法律赋予特定海事请求人的法定特权，法律优先保护这些债权人利益。
船舶留置权的客体是船舶，定义又分广义和狭义之说。但当前大多数专家和学者都认为，船舶留置权主要是指狭义上的，即在修船或者造船时，在合同另一方当事人没有履行合同的情况下，修船人或者造船人有权对占有的船舶进行留置，并优先受偿变卖、拍卖、折价该船舶价款的权利。
船舶留置权是一种法定担保物权，是根据法律的直接规定产生的，无须当事人之间的约定，所以，一旦修船人、造船人的相对海事债务人没有履行债务，船舶留置权即行产生。而船舶抵押权是当事人之间约定的一种担保物权，按照法定的担保在法律效力上优先于约定的担保的民法原理，可得出船舶的留置权肯定优先于船舶抵押权的结论。
可见，船舶抵押权、留置权、优先权受偿的先后顺序为:船舶优先权一一船舶留置权一一船舶抵押权一一普通海事请求权。
此外，船舶优先权的产生和设立，不受物权公示制度的约束，无须登记，也无关占有与否，只要引起了法定的海事债权，就必然产生船舶优先权，即船舶优先权具有秘密性。
因此，在设定抵押权的船舶上，一旦在抵押存续期间产生船舶优先权请求事项，特定海事请求人可行使船舶优先权;如果船舶所有人或占有人未能及时支付造船人的造船款项或未能支付修船人修理船舶的费用，造船人或者修船人对船舶可行使留置权。而这些都会严重危及船舶抵押权人抵押权的实现。
6、船舶油污损害的风险
船舶油污损害是指“在营运过程时，船舶不慎排放出或溢出各种油类物质，对海洋环境造成污染，或引起人身伤亡、财产损害或者灭失的事实。”这是一种海上侵权行为，造成的损害后果极其严重，受害者不堪承担，因此，国际公约和各国立法对船舶油污造成的损害适用无过错责任原则，又称为严格责任。不问船舶所有人在主观是否上有过错，也不管行为是否合法，只要发生了油污事件，就肯定要对受害人承担损害赔偿的民事责任。必须由船舶登记机关登记的船舶所有人，来承担油污损害赔偿责任，在船舶抵押中，也就是船舶抵押人来承担。赔偿责任的范围包括油污造成受害人财产的直接减少或人身伤害、任何人采取的旨在减轻或防止油污损害的合理措施所产生的费用以及由采取补救措施时造成的进一步灭失或者损害。因此，一旦船舶发生油污损害，船舶所有人有可能无法支付赔偿款项，而船舶被依法扣押或者拍卖，容易导致银行失去抵押权的客体或发生客体减值，使银行的抵押权全面实现，面临威肋、的风险。
