我国目前尚未有专门的船舶融资租赁登记制度。也正因为该种登记制度缺失，往往使动产出租人在融资租赁交易过程中面临着一些交易风险。例如承租人在未经出租人同意的情况下将租赁物转卖给第三人。如前所述，实践中对于融资租赁船舶的登记是比照光船租赁登记来操作的，也就是依据交通运输部在2010年下发的《关于融资租赁船舶登记有关事项的通知》(海船舶「2015] 524号)，将出租人登记为船舶的所有人，将承租人按照光船承租人的身份进行登记。但是融资租赁毕竟和光船租赁有很多的不同，这样做会带来很多隐患。
综合以上，建立专门的船舶融资登记制度就显得尤为重要。在登记制度的建立上，大多数学者支持建立一个统一的融资租赁登记制度，也就是说由一个专门的部门来负责与融资租赁有关的全部登记事项，无论该融资租赁标的是一般动产还是特殊动产。可以说，这种登记制度有一定的优势，方面查询、集中管理等。但就笔者个人而言，更倾向针对特殊的动产由专门的部门建立专门的融资租赁登记制度。就船舶而言，就是由海事局负责船舶融资租赁的登记事项。之所以倾向于这种方式，主要基于以下考虑:首先，采用分别登记制符合我国现行动产交易的登记习惯，方便操作。这样的话对于不同的登记事项，只需要相对应的法律予以补充增加，方面快捷，节省立法成本。其次，由于一直以来不同登记部门都是负责不同的登记事项，登记机构对于其负责的事情都较为熟悉。让不同的登记部门只负责自己熟悉的动产登记，不但可以大大地降低工作难度、登记管理的难度，方便了行政管理，而且也有利于更好地满足当事人及时快捷地查询权利状况的需求。再者，统一的登记制度会造成登记体系的混乱。因为我国现行就是不同的动产登记分属于不同的登记部门。例如与船舶相关的国籍登记、所有权登记等等都是由海事局负责，如果对于设置到融资租赁的登记都由一个统一的登记机关负责，那么就会造成针对同一标的物的物权和其他权利公示可能分别登记在两个登记机关，这样的登记手续也不方面当事人，也不便于登记的管理。
至于该种登记制度的效力可以参照光船租赁登记对抗主义的模式。另外，鉴于融资租赁的特性，承租人向出租人支付的租金不是一个短期的过程，因此为了保护双方的权利义务，尤其是出租人可以有效的收取到约定的租金，一般是不允许中途解约的，所以有必要对于注销登记在登记制度中予以明确，使承租双方都不能通过注销登记来任意地改变租赁物的权属状态。具体的限制条件需要相关部门进行考量，比如说如果承租人想要申请注销登记那么应该出具可以证明出租人己经同意的相关法律文件等。
