航运交易市场是交通运输行业的细分市场。近年来，国内沿海沿江城市为了打造航运中心，将航运交易所作为航运中心的“标配”，纷纷建立航运交易所或船舶交易市场。目前国内己有13家航运交易所和52家船舶交易市场，市场相当分散，交易量小。截至2018年，我国13家航运交易所二手船舶交易额为82.12亿元，其他衍生品交易额约3600亿元(相当于我国沪深证券交易所2018年成交额的0.4%, 5个期货交易所成交额的0.17%。因市场分隔，各航运交易所市场规模小，大多数航运交易所经营困难，靠政府财政支持维持。交易所是市场的产物，依靠政府财政支持生存是有违市场机制和规律的。
2、竞争力较弱。各地航运交易所一般是由当地政府的交通部门或金融部门管理，各地的管理政策、市场交易模式、交易信息披露方式等都各不相同，这就导致进入市场交易的企业少、交易零散、交易成本高等问题的出现。与国际著名的波罗的海航运交易所、纽约航运交易所相比，我国的交易所无论是在交易所实力、交易规模还是在客户资源方面，都显得较弱。
3、违规违法问题较多，被多次清理整顿。自2011年底至今，国务院对清理整顿各类交易场所的工作十分重视，对地方交易所进行3次大规模清理整顿并采取“回头看”措施，先后下发《国务院关于清理整顿各类交易场所切实防范金融风险的决定》和《国务院办公厅关于清理整顿各类交易场所的实施意见》(以下简称《实施意见》。2012年1月批准成立了清理整顿各类交易场所部际联席会议办公室，2016年12月发布《关于交易场所涉嫌非法证券期货活动风险提示的函》,2018年3月20日下发《关于做好清理整顿各类交易场所“回头看”前期阶段有关工作的通知》。国内各航运交易所也在被检查和整顿之列。
4、服务同质化问题突出，增值服务不足。虽然国内航交所或具有航交所基本功能的航运交易机构基本建立起了船找货、货找船、船舶买卖、局部线路和货物运价指数等信息发布和交易平台，也都推出了“一站式通关”等便捷措施，但大多是同质化服务，缺少增值服务和特色服务，具体表现为:部分交易所船舶交易缺乏船舶经纪、船舶拍卖、船舶融资、船舶检验、船价评估、海事登记、海事法律与仲裁、会计、审计等较为完善的船舶交易产业链一体化服务。由于航运业本身所具有的高风险、长周期性与金融的安全性、收益性和流动性原则不相容，使得各地金融机构对航运金融业务发展不热心、不积极;金融机构对航运业不了解，提供的航运金融服务水平较低，加上外汇管制、税制、海事仲裁等的掣肘，航运金融产品开发及相关服务滞后，致使航运金融需求大量外移。国内大多数航运交易所平台功能尚未健全，集聚效应和辐射影响力还很小。
5、航运交易所业务受到监管约束，发展空间受限。《实施意见》明确指出:不得将任何权益拆分为均等份额公开发行;不得采取集中交易方式进行交易;不得将权益按照标准化交易单位持续挂牌交易;累计权益持有人不得超过200人;不得以集中交易方式进行标准化合约交易;未经国务院相关金融管理部门批准，不得设立从事保险、信贷、黄金等金融产品交易的交易场所，其他任何交易场所也不得从事保险、信贷、黄金等金融产品交易。这些政策限制了各地航运交易所的发展空间，但同时各地航运交易所还得配合完成当地政府的金融发展总体规划。
