1、利益诉求不同。航运交易市场在买卖双方交易一次性完成后，资本流动就告一段落，不再有循环交易发生，交易项目在各个地域各个交易所独立完成:航运交易所自诞生之日起便形成了各自独立的经济利益体。此外，具有地域行政属性的航运交易所将受到所在地政府的政策影响。
2、实力规模不一。航运交易机构只是服务性单位，即使是省级交易机构，也不具备强大的投资能力，难以实行投资兼并。
3、机构性质不同。各地航运交易所有的是企业性质，有的是事业性质。所有制性质不同直接影响到合并建立全国性交易所。
4、行政隶属与管辖部门不同。由于各地交易所都是在国有企业改革条件下由各地政府国企改革部门设立的，因此让不存在上下级关系的交易所自行兼并另一个交易所障碍非常大。另外，由于非垂直管理的各级政府部门之间只存在业务上的上下级关系，不存在行政上的隶属关系，因此让政府部门采用行政手段进行市场整合也非易事。航运交易市场要统一就必须建立全国性的统一市场，而非一省一市的市场。要实现全国市场的统一，需要考虑相关体制机制的创新。
