船舶的权利瑕疵是指债权人诉请买船人承担船舶在司法拍卖前所负担的担保物权。
大陆法系国家民法理论通常认为，不依赖他人既存权利而取得的物权是原始取得。在我国学者的论著中，因国家公权力而发生物权变动的情形(如征收、没收等)，皆被视作原始取得。在这样的理论下，因船舶司法拍卖而产生的物权变动即为原始取得，买船人所获得的船舶应为权利清洁的船舶。在英美法系国家的对物诉讼制度下，船舶司法拍卖会消灭船舶的法律人格，并建立新的法律人格。可见，无论在大陆法系还是英美法系，船舶司法拍卖都具备涤除权利负担的效果。
因而，一国法院组织的船舶司法拍卖，只要基础判决和拍卖程序全部合法，就不会出现船舶存在权利瑕疵的问题。船舶存在权利瑕疵的问题，实际上是船舶司法拍卖的效力能否在其他国家获得承认的问题。买船人为保障自身权益，可以通过做好船舶注销与登记工作、向执行法院申请证明书等方式保护自己不被第三人要求承担船舶在司法拍卖前所承担的债务;若买船人最终被第三国法院要求承担债务，买船人可以尝试向执行法院追究责任。对此，本文第三章将会详细讨论。
